Il Liceo Classico di Spoleto fu istituito con decreto del 10 Novembre 1860, n.156° a cominciare dall'anno 1861, dal Regio Commissario Marchese Giovacchino Napoleone Pepoli, dopo l'occupazione dell'Umbria in nome di Vittorio Emanuele II.
Fino alla fine del secolo ed oltre, quello di Spoleto rimase il solo Regio Liceo della regione, designato comunemente come Regio Liceo dell'Umbria.
Fu intitolato al nome di Gioviano Pontano di Cerreto, umanista del Quattrocento. Dopo la morte dello storico Achille Sansi, il Regio Decreto del Marzo 1894, sanciva che alla scuola, con l'istituzione del Ginnasio, si aggiungesse al nome di Pontano quello di Sansi.
La prima sede del Liceo fu l'ex convento dei padri gesuiti, poi l'ex convento dei filippini, dove è ora ubicato il Tribunale di Spoleto. In seguito fu trasferito presso l'ex convento di San Domenico e dal  1892 al 1924 nell'ex convento di San Luca in piazza Carducci. Dal 1926 il Liceo ebbe sede nel palazzo Toni, acquistato dal Comune di Spoleto proprio per tale destinazione. Il palazzo fu costruito nella II metà del XVI secolo da Benedetto Egio, umanista spoletino, che fu docente di Greco a Parigi ed al quale è dedicata la via che fiancheggia l'edificio.
A partire dall'anno scolastico 1966/67, fu istituita, a titolo sperimentale, una sezione staccata a Norcia, tuttora funzionante, ma non più dipendente dalla sede di Spoleto.
Nell’anno 1996/97 è stato aggregato al Liceo l'Istituto Magistrale "Gregorio Elladio" di Spoleto fondato nel 1922 e detto allora Scuola Normale. L'edificio che lo ospitava, oggi sede del Corso Socio-Psico-Pedagogico, situato in piazza Moretti, era precedentemente adibito a monastero e comprendeva la chiesa di San Salvatore, ora palestra della scuola.

L'Istituto "Pontano-Sansi - L. Leonardi" torna in centro